1937年11月，北大、清华、南开三校合组的长沙临时大学开课。校舍借用长沙韭菜园的圣经学校，文学院因为房子不够，设在衡山脚下南岳的圣经学校分校。一个多学期后，南京陷落，日机开始轰炸长沙，学校决定再迁昆明。
三路入滇
1938年初，师生分三路出发。一路搭粤汉铁路到广州，转香港，乘海轮到越南海防，再坐滇越铁路的火车进入云南；一路乘汽车经桂林、柳州、南宁，出镇南关入越南，再转滇越铁路；第三路步行。
步行的一路称为「湘黔滇旅行团」，由二百多名男生和闻一多、曾昭抡、李继侗、袁复礼、黄钰生等教师组成。湖南省政府派中将黄师岳任团长，团员一律穿军装、打绑腿，按军队编制分队行进。旅行团2月20日从长沙出发，经湘西、贵州，4月28日抵达昆明，历时六十八天，全程三千多里，除一段乘船和少数路段搭车外，大部分路程靠步行。闻一多沿途画了不少风景速写，地质学家袁复礼给学生讲沿途的岩层，学生刘兆吉收集各地民歌，后来编成《西南采风录》。许多学生第一次走进西南山区，看到了贵州农村的贫困。旅行团进城那天，梅贻琦等人在城外迎接。
借房开课
教育部4月发令，长沙临时大学改名国立西南联合大学。5月4日在昆明开课时，学校还没有自己的房子，只能分散借用：理学院借用昆华农业学校，工学院设在城东拓东路的迤西会馆、江西会馆和全蜀会馆，文学院和法商学院在昆明找不到地方，暂时迁到二百多公里外的蒙自。
昆明当时由龙云主政，云南在战前与中央的关系若即若离，全面抗战后成为大后方的门户。龙云对联大迁入持欢迎态度。省立云南大学1937年起由数学家熊庆来任校长，联大不少教授也在云大兼课。滇越铁路通向越南海防，战争初期大批物资和人员经这条铁路进入内地，昆明的人口和物价在几年里都急剧上升。
蒙自半年
蒙自是滇南的旧通商口岸，滇越铁路开通后商务衰落，城里留下一批空置的洋式房屋。联大蒙自分校借用了旧海关、法国领事馆旧址和希腊商人开设的哥胪士洋行，教室、宿舍、图书室都安置在这些房子里。陈寅恪、钱穆、朱自清、闻一多等教授在这里上了一个学期的课。蒙自城小，师生常到南湖散步，湖边的菘岛、军山后来多次出现在他们的回忆文章里。1938年8月，昆明的房子有了着落，蒙自分校结束，文、法商两院迁回昆明。同年联大增设师范学院。
新校舍
联大在昆明城西北、大西门外购得一片土地，建造自己的校舍，时人称为「新校舍」。设计请梁思成、林徽因承担，两人主持的中国营造学社1938年从长沙迁到昆明。据当事人回忆，方案因为经费屡次压缩而一改再改，从楼房改为平房，材料也一降再降。
1939年春夏之交，新校舍陆续启用。建成的房子分三等：学生宿舍是土坯墙、茅草顶，教室是土坯墙、铁皮顶，只有图书馆和食堂用了瓦顶。宿舍是长条形的大通间，上下两层木床，一间住几十个学生。窗户没有玻璃，只开木格窗洞，雨大时要用纸或布挡住。教室里没有课桌，学生坐的是右侧带一块木板扶手的椅子，扶手就是写字的桌面；椅子不固定座位，想坐前排就得早到。
昆明的雨季从五月一直下到十月。雨点打在铁皮屋顶上，声音密而响，教授要提高嗓门，后排的学生仍然听不全。联大流传着一则轶事：一次雨声大到无法讲课，经济系教授陈岱孙在黑板上写下「下雨停课，静坐听雨」，师生坐着等雨停。这则轶事版本不一，情形大致可信。雨天路上泥泞，学生在教室门口跺掉鞋上的泥再进去。
新校舍只容得下一部分院系。工学院一直留在拓东路的会馆里，师范学院另有校址，教职员大多在城内外租房居住。清华的文科研究所设在城北龙泉镇的司家营，闻一多一家在那里住过几年；北大文科研究所和中央研究院史语所也在龙泉镇一带。教授们每周进城上课，往返要走十几里路。
茶馆
宿舍拥挤，图书馆座位要抢，昆明电力又不足，宿舍夜里灯光昏暗，时常停电，学生只能点油灯或蜡烛看书。许多人于是到附近的茶馆去。新校舍北边的凤翥街、东边的文林街上，茶馆一家挨着一家，一碗茶可以坐一个下午，老板并不催促。有的学生一早就来，占一个靠窗的位子，一直坐到晚饭，也有人坐到深夜。
茶馆里读书的、写论文的、下棋的、打桥牌的、争论时事的都有。学生在这里讨论课上刚听来的问题，传阅新出的书刊，写寄给报刊的文章，一些教授也常来坐坐，与学生聊天。当时在中文系读书的汪曾祺，1980年代写过一篇散文《泡茶馆》，回忆文林街、凤翥街上的几家茶馆和在那里遇到的人。他说：「如果我现在还算一个写小说的人，那么我的小说就是在昆明的茶馆里泡出来的。」
叙永分校
1940年9月，日军进驻越南北部，滇越铁路中断，昆明的局势一度紧张。国民政府曾考虑让联大迁往四川，联大在川南的叙永县设立分校，1940年秋季入学的一年级新生和部分先修班学生在叙永上课，借用当地的文庙、祠堂和寺庙作教室与宿舍。叙永地处川黔交界的山区，交通不便，物资匮乏。一年后昆明局势趋于稳定，全面迁校的计划作罢，1941年夏叙永分校撤销，师生回到昆明。
同一年，梁思成、林徽因在昆明北郊龙头村用借来的钱盖了一座小房子，这是两人一生中唯一为自己设计建造的住宅。房子落成不久，中国营造学社决定随中央研究院史语所迁往四川李庄，1940年底梁家离开昆明，在那所房子里只住了几个月。
轰炸与拆顶
1938年9月28日，日军飞机第一次轰炸昆明。此后几年里空袭不断，联大所在的城西北一带多次被炸。1940年10月和1941年8月的两次轰炸中，联大的师范学院、新校舍的宿舍和办公用房都有损毁，图书和仪器也有损失。学校一边修补，一边照常上课。
物价上涨是另一重压力。1940年代初，联大的经费远远跟不上物价，校舍无力维修。据当事人回忆，学校曾把一部分铁皮屋顶拆下变卖，换钱补贴开支，教室改盖茅草。雨声小了，漏雨却多了。
旧址
1946年联大结束，三校北返，新校舍留给独立建校的国立昆明师范学院，即今天的云南师范大学。原有的土坯房大多在后来的建设中拆除，校园里按当年的样式复建了几栋平房，其中一间铁皮顶的教室摆着带扶手的木椅。教室旁边，是1946年5月立起的联大纪念碑。
